华西医院是中国大陆单点规模最大的医院，西南地区的疑难和重危疾病的诊疗中心。目前有开放床位4300张，床位使用率110%左右；设33个临床科室，13个医技科室。有高级职称的临床专家550多人，正高职称300多人；专家中有中国医师协会副会长1人，中华医学会副会长1人，中华医学会专业委员会主任委员1人、副主任委员4人。医疗园区占地200多亩，医疗用房30余万平方米，全部新建于1996年以后。
华西医院医疗水平处在全国先进行列。特别是骨髓移植，肝移植，肾移植，超低位直肠癌保肛治疗，中西医结合治疗重症胰腺炎，肺癌的外科治疗，消化系统疾病的内镜治疗，泌尿系统疾病的微创和手术治疗，复杂眼科疾病手术治疗，心脏疾病的外科治疗，复杂的普胸疾病外科治疗，心脏疾病介入诊断治疗，神经系统疾病复杂的颅内疾病手术治疗，小儿外科疾病的手术治疗，骨肿瘤、断肢（指、趾）再植、人工关节置换等骨科疾病的手术治疗，耳鼻喉复杂疾病的手术治疗，烧伤整形治疗，组织工程临床应用，伽玛刀、X刀技术，肿瘤生物治疗，重症肝炎治疗，核医学治疗甲亢、骨肿瘤等方面各具特色，达国内先进水平，有的技术已达到国际先进水平。
华西医院门诊部设专科、专病门诊200余种，日门诊近10000人次；日急诊量300人次。有国际标准洁净手术室61间，每个工作日完成各种手术200台左右。华西医院有核磁共振4台（含2台3.0T），螺旋CT机4台，伽玛刀，X—刀，ECT，血管造影仪，直线加速器，大型自动生化仪，各种内窥镜和介入诊断治疗设备等当今世界上最先进的诊疗设备，总价值近5亿元。
实验医学科是中国规模最大的医学检验中心，专业设置齐全，下设8个专业实验室，拥有当今世界上最先进的医学检测设备，可开展检查项目482项；2006年6月，试验医学科整体通过美国病理家学会（CAP）检查认可，是国内唯一整体通过（CAP）检查认证的单位。
肝移植始于1978年，现在每年开展150例左右，技术力量和设备可保证7台肝移植手术同时进行，手术成功率100%，2年期以上成活率85%；创下了中国首例肝移植女病人术后3年怀孕生子、世界首例尸体活体合成肝移植等十项全国领先的肝移植技术；最近开展的80多例肝移植手术平均费用降低到15万左右、其中单例最低8.6万，为全国最低。
骨髓移植技术：1991年以来，血液科陆续开展了自体骨髓移植，异基因骨髓移植，异基因外周血造血干细胞移植，无血缘关系的异基因骨髓移植，同胞异基因脐血干细胞移植，非清髓性造血干细胞移植，半相合骨髓移植等技术治疗白血病及严重血液病百余例，无血缘移植病例居国内前3名，52%上病人取得5年期以上的长期存活，达到国内先进水平。
肾脏移植始于1979年，至2006年累计完成1600多例，现每年开展150多例；迄今为止，肾移植病人存活时间最长超过26年。
中西医结合治疗重症胰腺炎始于上世纪80年代末，在中国独树一帜，费用低廉；十多年来，先后治愈重症胰腺炎6000多例，其中危急重症胰腺炎1500多例，病死率和手术率分别由40.52%、77.68%下降到10.8%和19.4%，达到国际先进水平。
胸心血管外科普胸专业突破肺癌T4期不能手术的禁区，率先开展了肺癌患者上腔静脉置换、部分心房切除，体外循环下部分心脏切除、大血管置换等国际领先的手术，我院开展的10多种术式为世界首创。心脏外科专业是国内首批开展体外循环手术的单位之一，2002年开始，每年开展的心脏及普胸手术均超过1000例，为国内首家双过千的科室；在西南地区心脏手术开展病例最多、范围最广、疗效最好。石应康教授任中国医师协会副会长，中华医学会心脏外科专委会副主任委员。
腹腔镜超低位前切除术(L U A R)是周总光教授创新的直肠癌外科新技术，它在TME基础上突破了盆腔盲区，使大多数超低位直肠癌的患者都获得保肛治疗。先后在国内30多个城市的大医院表演传播，吸引了全国各地患者，并成功走向世界，受到国际同行的推崇。
骨科设有脊柱，关节，上、下肢创伤，手显微，骨肿瘤，运动等亚专业，设病房200张；拥有世界上最新的关节镜、椎间盘镜等设备和器材，是西部最大的关节重建外科中心，2005年开展手术4100多台，手术数量和质量均处于全国先进行列。科室管理推行专病到人，医师跟着病人走的先进的病房管理模式，质量效率和人才培养取得非凡业绩。裴福兴教授担任中华医学会骨科专委会副主任委员。
心脏内科是西部最大的心脏病介入治疗中心，广泛开展各种复杂心脏病的介入检查和治疗，年介入手术超过3000台次，手术数量和质量均在全国处于领先水平。黄德嘉教授担任中华医学会心脏病学专委会副主任委员。
消化内科是西部消化疾病诊治中心，广泛开展内镜下化疗、食道静脉曲张套扎术、食道支架置放术、十二指肠乳头切开术、鼻胆管引流术等各种新技术；在全国率先开展无痛胃镜技术，提高了检查准确性、扩大了适应症，广受病人欢迎。
麻醉科拥有国际最先进的麻醉机、监护仪和相关医疗设备，每年完成麻醉病例50000多例，普胸、心脏外科、肝肾移植麻醉量居全国综合医院前列，麻醉相关死亡率接近1/10万的世界先进水平。刘进教授的“吸入麻醉的研究”获2004年中国科技进步二等奖。
眼科是西部地区实力最强的眼病治疗中心，设病床200张，可施行当今国际上开展的各种眼科手术，年完成眼科疾病复杂手术6000多台；率先在国内开展光动力治疗眼底病，在老年性黄斑、白内障、青光眼、角膜移植等方面处于全国领先水平。
神经外科是西部最大的脑神经外科治疗中心，年完成开颅手术2300多台，动脉瘤手术150多台，手术种类、数量、质量均处于全国先进行列；微创技术，立体定向放射治疗技术（X刀、伽玛刀）广泛应用应用于临床。
感染性疾病中心是西部感染性疑难重症诊疗中心，设传染与感染两个病房，在各种传染病的诊治、病原学诊断、重症肝炎治疗、肝移植前期准备及合理使用抗菌素等方面均处于全国先进水平。
耳鼻喉科起源于1892年仁济耳鼻喉科医院，现在广泛开展听力重建及人工耳蜗植入术、鼻内窥镜外科技术、经鼻碟窦垂体肿瘤切除术、游离腔肠移植治疗晚期下咽癌等新技术，年完成复杂耳鼻喉手术2100多台，医疗数量和质量处于全国先进水平。
核医学科是国内最早建立的核医学专科之一，主张并致力于将核医学技术运用于临床治疗实践。在国内率先开展受体显像与受体介导靶向治疗、基因显像及放射基因治疗、放射性核素钐153治疗骨肿瘤、碘131治疗甲亢和甲状腺癌等新技术，核医学检查和临床治疗技术水平处于全国领先地位。匡安仁教授担任中华医学会核医学专委会主任委员。
放射科拥有当前世界上最先进的医学影像设备及其强大的图形工作站，广泛开展脑功能MR、脑灌注MR、脑扩散MR、3D重建、CT血管造影、灌注CT、数字化X射线摄影和计算机X线成像、数字减影血管造影（DSA）等新技术，可为临床提供高质量的影像学诊断证据。
心理卫生中心是我国最早采用现代医学技术治疗精神疾病的专业临床单位，也是我国精神病学专业人才培养的发源地，在治疗精神分裂症、身心疾病、心理疾病、儿童多动症等方面独居特色，在危机干预、戒酒、戒毒、社区精神卫生等多方面进行了开创性的探索和实践。临床医疗和科研在全国处于先进水平。李涛教授2005年荣获中国女科学家奖核西部特别贡献奖。
肿瘤中心包括化疗、放疗、生物治疗三个病房，拥有当前世界上最先进的肿瘤治疗设备，肿瘤生物治疗及各种先进的放疗、化疗技术，并配合各手术科室开展肿瘤综合治疗，临床治疗的数量和质量在全国处于先进水平。
护理队伍共有护士1500名，其中正高职称5人、副高职称28人，博士1人、硕士18人、本科144人，大专712人。 1995年在全国率先进行临床护理模式改革，在全国响亮提出“整体医疗护理”新观点，2000年开展临床路径和循证护理，这些改革对提高护理质量、推动我国临床护理模式改革作出积极贡献。
开展了各种护理新技术，承担着全院肾移植、肝移植、骨髓移植、中西医结合治疗重症胰腺炎、冠状动脉搭桥手术、肿瘤生物治疗等二百余种专科专病的护理，并开设了专科护理门诊，临床护理处于全国先进水平。
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